Labrapäiväkirja

Pieni uutinen

2008-01-30T10:10:00+02:00

Pieni uutinen tämän päivän Hesarissa.

http://www.hs.fi/kulttuuri/artikkeli/Taiteilijat+ja+tutkijat+marssivat+ulos+ministeri%C3%B6st%C3%A4/1135233648124

Sitten vaan päivän hommiin eli Kulttuurirahaston apurahahakemuksen viimeistelyyn!

M-

The PCR Song

2008-01-17T15:34:00+02:00

There was a time when to amplify DNA,

You had to grow tons and tons of tiny cells.

Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,

Said you can amplify in vitro just as well.

Just mix your template with a buffer and some primers,

Nucleotides and polymerases, too.

Denaturing, annealing, and extending.

Well it’s amazing what heating and cooling and heating will do.

PCR, when you need to detect mutations.

PCR, when you need to recombine.

PCR, when you need to find out who the daddy is.

PCR, when you need to solve a crime.

(repeat chorus)

-BioRad ja sama livenä juutuubissa: http://www.youtube.com/watch?v=x5yPkxCLads

Tänään päreitä ovat käryttäneet erityisesti kenkkuilleet printterit. Tulipahan hyvä mieli kun 2 h tappelun jälkeen sai paperin ulos. Huoh. Se siitä tämänpäiväisestä tieteen tekemisestä. Olen sentään saanut ensiviikon kongressiposterin tehtyä.

M-

Sinilevien sininen

2008-01-15T10:32:00+02:00

Mökkirannan leväpuurossa pulikoiva ihmettelee miksi tuota kirottua mömmöä oikein kutsutaan sinileväksi, kun se näyttää vihreän ja keltaisen tahmealta sekoitukselta. Missä se kuuluisa sinilevien sininen sitten on? Kun ottaa pois häiritsevän vihreän, jää jäljelle kaunista taivaansinistä, jolle hämärä kuva ei tee oikeutta:

Pikemminkin se muistuttaa erottamattoman lenkkiseuralaisen, sinisen iPodin väriä:

Päivän opetustuokion johtopäätös: sinilevät ovat nimensä ansainneet. Palaan maailman pelastamisen pariin...heti sen jälkeen kun olen käynyt syömässä.

M-

Triplamutanttivauvat

2008-01-07T15:21:00+02:00

Potterin ja Vaderin synnytystuskat ovat onnellisesti ohi (ks. Epävirallinen nimistönmuutos 22.3.2007). Pienokaiset ovat vihreitä ja voivat hyvin. Onnellinen äiti lopetti juuri käytävillä kirmailun ja älyttömän hihkumisen, joka saattoi antaa hänestä vähä-älyisen kuvan. PCR toimi kuin Sallimuksen tahdosta ja uudet triplamutanttikannat ovat puhtaat villityypin genomeista! Uusien mutanttien myötä eteen tulee uusi ongelma: kuinka ratkaisemme kantojen äärimmilleen optimoidun värikoodauksen? Jos jatkamme väriopin noudattamista, kaikkien triplamutanttien tulisi olla erisävyisiä ruskeita. Vetäydyn pohtimaan väritysongelmaa. TA-TA for now!

M-

Maanantain äkillinen yhteys henkimaailmaan: O behold the might and power of His Divine Grace the God of PCR!

Uudenvuodenlupauksia?

2008-01-03T08:42:00+02:00

Hämäsinpäs, en aio tehdä uudenvuodenlupauksia edes siitä, että päivittäisin Labrapäiväkirjaa useammin! Hähää, luulitte!

Labra on melkolailla sama, kuin mitä se oli alkusyksystä. Mutantit voivat paksusti, myös uudet triplamutantit. Syksyllä otin itseäni niskasta kiinni, ja menin kitumaan liiketaloustieteen, johdon laskentatoimen, projektijohtamisen ja tuloslaskennan kursseille. Monta kirosanaa niilläkin vuodatettiin! Ryhdyin myös noin vuoden vitkastelun jälkeen tekemään RT-PCR:ää. Kävi juuri niinkuin tuollaisille asioille tuppaa käymään: Ensin menetelmää pelkää ja välttelee, ja lopulta se onkin ihan kakunpala. Tuntee itsensä melko pöljäksi. Loppuvuosi käytettiin lähinnä SigC-jutun hiomiseen ja sen julkaisemisen kanssa tappelemiseen. Ja juuri parhaaksi mahdolliseksi joululahjaksi se menikin läpi! Ding! Siitä tuli vaan niin hyvä mieli lähteä joululomalle.

Näin viimeyönä ensimmäisen väitöspainajaiseni. Kirjani kansi oli kirkkaan neonpinkki. Tulin suoraan uimasta, vettä tippuvana ja uimapukusillani, enkä ollut valmistautunut millään tavoin koko tilaisuuteen. Lektiodiani olivat suomeksi, mutta puhuin englanniksi. Vastaväittäjä piileskeli ensimmäisen penkkirivin alla. Nyt se sitten alkaa, painajaisten aika: alitajunta on päässyt kärryille siitä, mitä tulevaisuudelta on odotettavissa.

Kaikenmaailman syanobakteerimutantit ja niiden kuningattaret toivottavat sankalle lukijajoukolleen (Mikäli ette ole kaikonneet järkyttävän pitkän päivitystauon takia) hauskaa vuotta. Vaikuttavin uudenvuodentoivotus, minkä tänä vuonna sain, oli: "Hyvää uuttavuotta! Uskon, että hyvä voittaa!" Siispä hyvillä mielin ja toiveikkaana vuodelle 2008.

Vuoden aloituskappale: Blind Guardian: The Bard's Song

M, level 3 researcher

Ilmainen jälkiruoka

2007-09-26T12:49:00+03:00

Miten menimmekin niin helpolla halpaan kuin ilmaisen jälkiruuan toivossa vain ihminen voi? Jätimme labran hetkeksi ravitaksemme myös ruumistamme herkullisella yliopistoruokalan muonalla, sillä henkisellä ravinnollahan ei pötki juuri sen pidemmälle kuin Pyhällä Hengelläkään. Olimme sen verran myöhässä, että jono oli jo ehtinyt ylittää villeimmätkin kuvitelmamme, joten suuntasimme muualle. Matkalla meille tuputettiin "ilmainen kahvi tai jälkiruoka"-lipukkeet käteen, ja ilmaisen jälkiruuan toivossa erehdyimme kokeilemaan uutta ruokalaa. Se oli virhe. Tässä toisessa ruokalassa oli pielessä kaikki muu paitsi se, että pannupitsa ei ollut pahaa. Jono ei liikkunut mihinkään. Ahtaudessa ihmiset tunkivat niin, että leipä tippui lattialle (kuinkas muutenkaan kuin voipuoli alaspäin). Tarjoilupöydän järjestys oli epälooginen. Kassalla ei ollut vaihtorahaa. Ja kaiken lisäksi ne luvatut ilmaiset jälkiruuat loppuivat kesken. Joskus tuntuu, että lupaus ilmaisesta ruuasta pyörittää maailmaa. Pitäkää lapsrakkaat mielessänne, että silloin kun houkutus on suurin, on muistettava, että kaikella on hintansa. Ilmainen jälkiruoka ei koskaan ole ilmainen, se on vain saavuttamaton unelma pienissä hatarissa päissänne.

Ruoka-ajan rentouttavalle tunnelmalle uskollinen linkki blogiin, joka syväluotaa ihmisen alkukantaisinta olotilaa, **tutusta: www.enitenvituttaakaikki.blogspot.com

M-

PS. Soluilla menee hyvin, ne kasvavat silmissä kaapissa, jossa on uusi kaasvupulloviritys. Ihana pihisevä hiilidioksidikylpy rentouttaa mukavasti myös syanobakteerimutantit!

X astetta Celsiusta

2007-09-20T09:30:00+03:00

S:n pää tyhjeni totaalisesti kun kysyin, mitä laitetaan otsikoksi. Aihe käsittelee nimittäin ylenmääräistä Celsiusateiden määrää, joka on valloittanut osaston kriittiset alueet. Esimerkiksi pakkashuone lämpeni -20 oC:sta -10 oC:hen ja S:n solujen kasvatushuone +25 oC:sta +30 oC:hen. huhhuh. Tässä rupeaa pikkuhiljaa korvienvälinkin lämpötila nousemaan pelkästä jännityksestä. Jatkamme loppumatonta taistoa tutkimustyön tielle heittäytyvä teknisiä vaikeuksia vastaan.

M ja S

We're the Bad Guys

2007-08-27T20:07:00+03:00

Ylimääräistä pontta loman jälkeen saa ehdottomasti siitä, että kuvittelee itsensä ihmiskunnan viholliseksi. Onhan niin, että vaatimattomatkin syanobakteeritutkijat saattavat olla vastuussa kaikenkattavasta salaliitosta, josta edes Temppeliherrat eivät tiedä mitään...buahahaa...Ei, en ole kuitenkaan menettänyt viimeistä intiaania kanootistani, törmäsin vain tällaiseen opukseen kirjastokäynnillä:

Ai että mitä labraan kuuluu? PCR:ää, rutkasti PCR:ää loman jälkeen. Homma toimi kuin rasvattu, kunnes pienehkö vastoinkäyminen tyssäsi syksyn eksperimenttisuunnitelmat täysin ainakin muutamaksi viikoksi. Tälläkertaa hankaluuksia ei voi vyöryttää hänen pyhyytensä PCR-Jumalan niskoille, eli edes suitsukkeen polttaminen PCR-koneen vieressä ei olisi auttanut. Vika oli syanobakteerien sigmoissa, noissa pahan perillisissä! I think I'm screwed. Vannon, että yhtään pipettiä en rikkonut, enkä ikkunoitakaan, enkä kiroillutkaan pahemmin, vaikka harmistus olikin melkoinen. Onko tämän tarkoitus kasvattaa minua ihmisenä? Toisaalta nyt kun ei voi tehdä kokeita, voi lukea artikkeleita kasvilamppujen alla ja saada samalla syksyn kirkasvalohoitokiintiön täyteen.

Päivän niksi: laita Fairyä soluihin, luistaa paremmin suodattimen läpi!

M-

Kesälaitumille

2007-07-07T18:27:00+03:00

Mennyttä viikkoa parhaiten kuvaava adjektiivi on kenties Tahmea. Vain syanot eivät olleet moksiskaan siitä, että käytävillä ei kulkenut enää ketään, ja labroissa oli hiljaista kuin lakossa olevassa huopatossutehtaassa. Kaikkia muita on vaivannut saamattomuus, unisuus ja yleinen haluttomuus mihinkään muuhun kuin jäätelönsyömiseen. Mutta nyt on LOMA! Syanotkin saavat pitää taukoa kokeista ellei T sitten innostu johonkin hauskaan koejärjestelyyn ensiviikolla palattuaan omalta lomaltaan. Loman jälkeen on ryhdyttävä jälleen optimoimaan PCR:ää (ks. labrapäiväkirjan 1. merkintä)...jeejee. Sitä odotellessa.

Kesämusaa: Butterfly (Rajaton), July, July! (The Decemberists)

M-

PS. vielä viimeisenä päivänä kahvihuoneen hyllyllä nököttävä Luomisopin Atlas-järkäle (jatkuva hilpeyden ja tuohtumuksen aihe) väijytti mut, hyppäsi varoittamatta niskaan ja viilteli kättäni terävillä sivuillaan. Oliko tämä merkki? Seuraavaksi iskee salama.

Kellot käy

2007-06-27T10:44:00+03:00

Biologisen kellon lisäksi labrassa tikittää välillä useampikin muu aikarauta. Esimerkiksi tänään mittailen tiuhaan fotosynteesiä. Eri kokeille käy omat sekuntikellot. Välillä päähajoo kun ne hälyttävät muutaman minuutin välein ja koko päivä on minuutin tarkalleen ajoitettu mittauksia varten. Täydellisyyteen asti hiottu aikataulutus ja kymmenet sekuntikellot erivärisillä tunnistuslapuilla varustettuina (color coded for your convenience) ovat välttämättömiä mikäli tahtoo varmistaa tärkeät asiat kuten a) sen, ettei tarvitse olla ylitöissä b) sen, että ehtii syödä c) sen, että ehtii kahville ja d) sen, että ehtii surffailla elintärkeillä sivuilla kuten lintukoto.netin oraakkelissa: http://lintukoto.net/viihde/oraakkeli/ . Oraakkeli oli aikoinaan tosin tätä mieltä: "onko syanobakteeritutkimus tärkeää?" "tottakai!" "miksi?" "rangaistukseksi pahoista teoistasi tietenkin".

M-työntouhussa

teemamusiikkia: Hetki lyö (Kirka)